Studijní plán doktorského studia zahrnuje tzv. doporučený studijní plán, který obsahuje předměty povinné, a dále individualizovanou část, která reflektuje výzkumné zaměření a disertační projekt studenta*ky.

Individualizovaná část se projevuje ve způsobu, jakým student*ka naplňuje povinnosti související s modulovými předměty, a dále v předmětech a kurzech, které si student*ka vybírá navíc a jež svým obsahem souvisí s jeho*jejím výzkumným zaměřením.

Standardní doba studia je stanovena na čtyři roky. Ve IV. ročníku musí mít student*ka splněné všechny předměty dle doporučeného studijního plánu a dosáhnout celkového počtu 180 kreditů. Do celkového počtu kreditů je započten i letní semestr předmětu Seminář se školitelem disertační práce (20 kreditů), který je zapsán do IS JAMU školitelem*kou na základě odevzdání disertační práce. V optimálním případě student*ka v průběhu 4 let absolvuje všechny předměty dle individuálního studijního plánu a odevzdá disertační práci.

Celkem 119 kreditů z předepsaných 180 student*ka získá za povinné předměty splněné během standardní doby studia. Další kredity může získat jak za povinné předměty vyučované modulárním způsobem, z nichž předměty Publikační praxe a Prezentace na mezinárodní akci lze zapsat opakovaně, tak za předměty volitelné. Volitelné předměty lze vybírat jak z nabídky DF JAMU (případně HF JAMU), tak i jiných vysokých škol (po dohodě se školitelem*kou).